Zegar Rodzinny powstał dzięki połączeniu doświadczeń setek rodzin, które tworzyły i praktykowały go w różnych krajach świata.
Na początku około stu rodzin związanych ze Wspólnotą Życia Chrześcijańskiego zastanawiało się nad tym, co i w jaki sposób z duchowości ignacjańskiej najbardziej pomogło im w życiu małżeńskim i rodzinnym. Powstał zespół, który we współpracy z Uniwersyteckim Instytutem Rodziny Papieskiego Uniwersytetu Comillas w Madrycie opracował metodę, wykorzystującą odkryte bogactwo duchowości ignacjańskiej, i stosowaną w warsztatach Zegara Rodzinnego.
(Członkowie WŻCh z Kolumbii)
Następnie, w 2013 roku przeprowadzono warsztaty pilotażowe, po których nastąpiło ponad 50 kolejnych w Hiszpanii i innych krajach, i które przyczyniły się do udoskonalenia metody. Od tego czasu warsztaty Zegara Rodzinnego kontynuowane są praktycznie w całej Hiszpanii i we wszystkich krajach Ameryki Łacińskiej. Kolejnym impulsem do rozwoju Zegara była posynodalna adhortacja apostolska Amoris Laetitia Ojca Świętego Franciszka o rodzinie. Dzięki niej zobaczono, jak bardzo Zegar Rodzinny odpowiada na potrzeby współczesnych małżeństw i rodzin i jak idzie z duchem czasu i nauczaniem Kościoła.
(Fernando Vidal z opisem metody Zegara)
W 2017 roku książka opisująca Zegar Rodzinny, stanowiąca jednocześnie podstawowy materiał dla prowadzących warsztaty, napisana przez Fernando Vidala, socjologa z Universidad de Comillas, uzyskała pozytywną opinię watykańskiej Dykasterii ds. Świeckich, Rodziny i Życia (por. http://www.laityfamilylife.va/content/laityfamilylife/es/news/2017/l_ora-della-famiglia-.html
W 2018 roku Zegar Rodzinny zagościł w Polsce. Pierwsze warsztaty odbyły się w Poznaniu w październiku i listopadzie 2018 r. w wersji dwuweekendowej (sobotnio-niedzielnej), a następnie, w tej samej formie, w Toruniu i Lublinie. Obecnie prowadzone są także w wersji weekendowej (od piątku po południu do obiadu w niedzielę), np. w Domu Sióstr Sacré Coeur w Warszawie lub rozszerzonej (od czwartku wieczorem do niedzieli), np. w Milanówku w 2023 r.
